Madrasah aliyah Al-Amiriyyah memiliki program kelas unggulan yaitu IPA dan AGAMA. Program IPA menjadi program yang banyak diminati siswa. Maka dari itu, diadakan program IPA unggulan yang memiliki lokal asrama tersendiri, yaitu di ndalem KH. Moch. Afif Jauhari syafaat untuk dapat lebih memfokuskan siswa pada pelajaran sains dengan melalui berbagai bimbingan belajar. Sedangkan para siswa harus melalui tes tulis dan tes interview agar dapat masuk dalam program unggulan IPA ini. Bagi siswa yang tidak lolos tes, maka akan masuk ke dalam kelas reguler IPA.
Kegiatan yang menunjang belajar siswa dalam kelas unggulan ini adalah bimbingan belajar sains tiap sore hari. Jadi, jika siswa belum memahami pelajaran sains di sekolah, mereka dapat mengulang pelajaran di Asrama dengan tutor (guru pembimbing) masing-masing. Kegiatan seperti ini akan dapat mengembangkan tingkat pemahaman siswa menjadi lebih baik. Tidak hanya seputar sains saja, Asrama As-Sa’idiyyah yang merupakan nama dari Asrama unggulan IPA ini, juga mengembangkan potensi non akademik bagi siswa. Salah satunya adalah kegiatan ekstra bahasa dan ekstra qiro’at yang dilaksanakan setiap selasa dan kamis sore.
Melalui ekstra bahasa, para siswa dapat lebih lancar mengucapkan vocab baik bahasa Inggris ataupun bahasa Arab. Serta untuk menunjang program berbahasa, dibentuklah Departemen Bahasa Asrama yang memiliki program tersendiri, yaitu program berbahasa sehari-hari. Para siswa harus berbahasa baik bahasa inggris ataupun bahasa arab sebagai bahasa sehari-hari ,sehingga mereka dapat terlatih menggunakan bahasa daily languange. Setiap ba’da Maghrib, diadakan kegiatan vocabulary yang diisi oleh Departement Bahasa Asrama. Vocabulary tersebut adalah kegiatan dimana anggota departement akan mengajak siswa mengingat rumus-rumus dalam pelajaran sains dan mengingat suku kata bahasa inggris juga bahasa arab. Kegiatan ini sangat membantu siswa terbiasa mengingat rumus agar nantinya dapat diaplikasikan dalam pelajaran.
Melalui ekstra qira’at, siswa dapat mengembangkan potensinya sebagai qori’ (orang yang membaca Al qur’an dengan seni tertentu). Mereka diajarkan untuk mengenali lagu-lagu yang dapat diaplikasikan untuk membaca Al-Qur’an. Mulai dari lagu Hijaz, Bayati, Koror, dan lain sebagainya. Kegiatan ini melatih siswa terbiasa membaca Al-Qur’an dengan lagu murrotal yang indah.
Walaupun Asrama Unggulan IPA terletak di luar Pondok Pesantren Putri Utara Darussalam Pusat, para siswa tetap dalam naungan pondok dan tetap berstatus santri yang wajib mematuhi Qonun-Qonun (peraturan) yang sudah ada. Unggulan IPA tidak hanya unggul dalam sains saja, tetapi juga dalam hal mengaji kitab kuning. Terbukti dengan adanya siswa yang mengikuti lomba-lomba membaca kitab hingga tingkat provinsi. Siswa mendapat Ilmu Pengetahuan Umum serta Ilmu Agama sekaligus. Serta masih banyak lagi potensi potensi para siswa yang sudah ter-ekspose secara luas.
Program Unggulan IPA telah banyak melahirkan alumni yang unggul, berprestasi, dan ber-akhlakul karimah. Tidak sedikit yang diterima oleh universitas ternama baik di dalam banyuwangi ataupun di luar banyuwangi. Seperti Universitas Brawijaya, UIN Syarief Hidayatullah Jakarta, IAIN Jember, UIN Malang dan masih banyak lagi Alumni yang akan menorehkan jejak yang membanggakan. Jadi, Madrasah Aliyah bukan hanya unggul dalam hal Agama, tetapi juga dalam Ilmu pengetahuan Umum.
